A Heim Pál Gyermekkórházban tizennyolc osztály működik, amelyeken a különböző betegségekben szenvedő, például a gyomorproblémákkal küzdő vagy sürgős sebészeti ellátásra szoruló gyermekek gyógyítása folyik. A kórház daganatos betegek ellátásával is foglalkozik, amely a II. sz. Gyermek belgyógyászati, csecsemő, koraszülött és onkológiai osztályon folyik, az intézmény XIII. kerületi, Madarász utcai telephelyén.

2014 év végén adták át Heim Pál Gyermekkórház Madarász utcai gyermekkórházi részlegének onko-hematológiai osztályát. A kis betegek így új és modernebb körülmények között gyógyulhatnak, immáron az Üllői úti központba költöztetett helyszínen. A budapesti intézmény részlegének kialakításához szükséges összeget a Heim Pál Gyermekkórház Fejlesztéséért Alapítvány 111,1 millió Ft-os, a Gyermekrák Alapítvány 95,9 millió Ft-os, az Együtt a Leukémiás Gyermekekért Alapítvány 40 millió Ft-os, a Haemofília Alapítvány 23,4 millió Ft-os valamint magánszemélyek adományaiból sikerült összegyűjteni.

A daganatos betegségek és a leukémia olyan súlyos kórok, amit az ember senkinek se kívánna, főleg nem egy gyermeknek. Az ilyen típusú betegségek ellen komoly felszereltséggel és szakszerű eljárásokkal lehet csak felvenni a harcot, mely nagyszabású anyagi beruházásokat igényel. A budapesti Heim Pál Gyermekkórház sok éve nyújt szakszerű ellátást ezen a területen: tizennyolc osztályán többek közt daganatos, neurológiai, gasztroenterológiai problémákkal küzdő vagy sebészeti beavatkozásra szoruló gyermekek gyógyítása folyik.